Universitas KristenIndonesia Tomohon (UKIT) telah menelusuri sejarah panjang perjalanannya, dimulai ketika Sekolah Pembantu Penginjilan didirikan pada 1 November 1868 yang mana kemudian menjadi cikal bakal berdirinya School tot Opleiding van Inlandse Leeraaren (STOVIL). Kemudian di masa pendudukan Jepang kala itu dan situasi pasca Perang Dunia II mengakibatkan proses belajar-mengajar di STOVIL terhenti. Kevakuman kegiatan pendidikan Teologi ternyata menjadi perhatian Ds. A.Z.R Wenas yang kala itu menjabat Ketua Sinode Gereja Masehi Injili di Minahasa (GMIM) beserta seluruh jajarannya, hingga melahirkan keputusan pendirian Perguruan Tinggi Theologia (PPTh) di Tomohon pada 7 Oktober 1962. Inilah tanggal yang kemudian dijadikan momen bersejarah berdirinya Fakultas Teologi Universitas Kristen Indonesia Tomohon.

Pada tanggal 19 Oktober 1964 disepakati pendirian Universitas Kristen Indonesia Tomohon (UKIT) dengan menunjuk Prof. S.J Warouw sebagai Rektor pertama. Secara resmi UKIT sebagai Perguruan Tinggi Swasta berlokasi di Kota Tomohon berdiri 20 Februari 1965, dimana Yayasan Perguruan Tinggi Kristen GMIM (YPTK GMIM), sesuai Akte Notaris B.A. Lomban dan Hardaseputra SH, No. 9 Tanggal 12 Juli 1965 sebagai Badan Penyelenggara.

Ketika itu UKIT memiliki empat fakultas, yaitu: Fakultas Teologia, Fakultas Ilmu Pasti dan Ilmu Alam (FIPIA), Fakultas Psikologi, dan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP). Kala itu UKIT pernah menyelenggarakan Program Studi Kedokteran Umum, Program Studi Kedokteran Hewan dan Program Studi Kesehatan Masyarakat. Langkah UKIT mengalihstatuskan mahasiswa dari ketiga program studi tersebut dilakukan oleh karena pencapaian standar penyelenggaraan keilmuan yang terbatas. Sementara penyelenggaraan beberapa program studi lainnya di Fakultas masing-masing tetap dilaksanakan, seperti: Fakultas Teknik, Fakultas Pertanian, Fakultas Psikologi, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Fakultas Hukum, dan Fakultas Teologi.

Hingga 29 November 2007, operasional UKIT secara administratif mengalami perubahan, yaitu ketika Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 220/D/O/2007 menyatakan pengalihan pengelolaan UKIT dari sebelumnya dilakukan Yayasan Perguruan Tinggi Kristen (YPTK) ke Yayasan Gereja Masehi Injili di Minahasa Dominee Albertus Zakarias Runturambi Wenas (YAZRW). Proses pengalihan ini dilakukan sebagai tindak lanjut GMIM mematuhi peraturan perundangan mengenai syarat pendirian dan keberadaan sebuah Yayasan di tanah air, yaitu ketentuan Undang-Undang Nomor 16 Tahun 2001 yang kemudian mengalami perubahan menjadi Undang-Undang Nomor 28 Tahun 2004. Proses pengalihan ini pula sekaligus menyatukan beberapa yayasan milik GMIM menjadi Yayasan Ds. A.Z.R. Wenas.

Sementara Yayasan Gereja Masehi Injili di Minahasa Dominee Albertus Zakarias Runturambi Wenas (Yayasan Ds. A.Z.R. Wenas) sendiri terbentuk sebagai Badan Hukum melalui Surat Keputusan Menteri Hukum Dan Hak Azazi Manusia Republik Indonesia Nomor: C-1252.HT.01.02.TH.2006.

Hingga kini, proses penyelenggaraan pendidikan tinggi yang dilakukan UKIT senantiasa mengacu pada format pembinaan, pengendalian, dan pengawasan Depertemen Pendidikan Nasional RI melalui KOPERTIS WILAYAH IX Sulawesi, yang sejak Tahun 2021 dimekarkan dan Wilayah Sulawesi Utara, Sulawesi Tengah dan Gorontalo menjadi Lembaga Layanan Pendidikan Tinggi WIlayah XVI, serta bertanggungjawab sepenuhnya kepada Jemaat Gereja Masehi Injili di Minahasa (GMIM).

Dalam berbagai dinamikanya, hingga kini Universitas Kristen Indonesia Tomohon (UKIT) merupakan perguruan tinggi swasta yang telah berusia 58 tahun dan keberadaannya masih tetap diakui masyarakat dan pemerintah.