Universitas Kristen Indonesia Tomohon (UKIT) dalam perkembangannya telah menelusuri sejarah yang panjang, dimulai ketika Sekolah Pembantu Penginjilan didirikan pada 1 November 1868. Hingga tahun 1886, sekolah ini kemudian menjadi cikal bakal berdirinya School tot Opleiding van Inlandse Leeraaren (STOVIL). Masa pendudukan Jepang kala itu dan situasi pasca Perang Dunia II mengakibatkan proses belajar-mengajar di STOVIL terhenti.Kevakuman kegiatan pendidikan Teologi ternyata menjadi perhatian Ds. A.Z.R Wenas yang kala itu menjabat Ketua Sinode Gereja Masehi Injili di Minahasa (GMIM) beserta seluruh jajarannya, hingga melahirkan keputusan pendirian Perguruan Tinggi Theologia (PPTh) di Tomohon pada 7 Oktober 1962.Inilah tanggal yang kemudian dijadikan momen bersejarah berdirinya Fakultas Teologi Universitas Kristen Indonesia Tomohon. Prestasi membanggakan yang diraih tokoh-tokoh GMIM atas berdirinya PPTh, menjadi motivasi awal untuk memperluas orientasi penyelenggaraan keilmuan dan program studi.

Hingga tepat tanggal 19 Oktober 1964 disepakatilah pendirian Universitas Kristen Indonesia Tomohon (UKIT) dengan menunjuk Prof. S.J Warouw sebagai Rektor. Ketika itu UKIT memiliki empat fakultas, yaitu: Fakultas Teologia, Fakultas Ilmu Pasti dan Ilmu Alam (FIPIA), Fakultas Psikologi, dan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP). Penahbisan UKIT untuk beroperasi secara resmi dilakukan di Gereja Sion 20 Februari 1965. Sebuah lembaga yang ditunjuk untuk melayani kegiatan operasional UKIT pada awal berdirinya adalah Yayasan Perguruan Tinggi Kristen (YPTK) dengan Akta Notaris B.A Lomban Nomor 9 tertanggal 12 juli 1965, mengalami perubahan dengan Akta Notaris R.H Hardasa Putra, SH Nomor 51 tanggal 28 Maret 1989 dan nomor 50 tanggal 26 Mei 1990.Catatan perkembangan lainnya mengurai bahwa UKIT pernah menyelenggarakan Program Studi Kedokteran Umum, Program Studi Kedokteran Hewan dan Program Studi Kesehatan Masyarakat. Langkah UKIT mengalihstatuskan mahasiswa dari ketiga program studi tersebut dilakukan oleh karena pencapaian standar penyelenggaraan keilmuan yang terbatas. Sementara penyelenggaraan beberapa program studi lainnya di Fakultas masing-masing tetap dilaksanakan, seperti: Fakultas Teknik, Fakultas Pertanian, Fakultas Psikologi, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Fakultas Hukum, Dan Fakultas Teologi. Selama kurun waktu hingga 29 November 2007, operasional UKIT secara administratif mengalami perubahan, yaitu ketika Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 220/D/O/2007 menyatakan pengalihan pengelolaan UKIT dari sebelumnya dilakukan Yayasan Perguruan Tinggi Kristen (YPTK) ke Yayasan GMIM Ds. A.Z.R. Wenas (YAZRW).

Proses pengalihan ini dilakukan sebagai tindak lanjut GMIM mematuhi peraturan perundangan mengenai syarat pendirian dan keberadaan sebuah Yayasan di tanah air, yaitu ketentuan Undang-Undang Nomor 16 Tahun 2001 yang kemudian mengalami perubahan menjadi Undang-Undang Nomor 28 Tahun 2004. Proses pengalihan inipula sekaligus menyatukan beberapa yayasan milik GMIM menjadi Yayasan Ds. A.Z.R. Wenas. Sementara Yayasan Ds. A.Z.R. Wenas sendiri terbentuk sebagai Badan Hukum melalui Surat Keputusan Menteri Hukum Dan Hak Azazi Manusia Republik Indonesia Nomor: C-1252.HT.01.02.TH.2006. Hingga kini, proses penyelenggaraan pendidikan tinggi yang dilakukan UKIT senantiasa mengacu pada format pembinaan, pengendalian, dan pengawasan Depertemen Pendidikan Nasional RI melalui KOPERTIS WILAYAH IX Sulawesi. Serta bertanggungjawab sepenuhnya kepada Jemaat Gereja Masehi Injili di Minahasa.